积极引入以食品业者为主体的食品安全管理新制度，提高管理有效性，降低政府管理成本如前所述，近年来，日本食品管理观念发生较大转变：食品业者被推到管理的前台，目的是发挥其主观能动性，使之成为食品安全管理的主角，政府主要负责制定规则，并进行引导和监督。HACCP、GAP、ISO9000、ISO22000、食品溯源制度等都是政府从这一角度出发，积极从欧美国家引进的食品安全管理新制度。
 
　　HACCP、GAP、ISO9000、ISO22000等制度各有所长，在农产品食品的生产、加工、销售等各个环节都建立了一套完整的管理体系。特别是这些制度普遍具有的自我约束和相互制约机制，将食品安全管理由表及里渗透到业者的各个环节，实现了以前政府想做却很难做甚至无法做到的事情。例如，出口欧洲的食品必须进行HACCP认证，否则食品就无法进入欧洲市场。如果要获得HACCP认证，就必须符合其具体的管理标准，而且要接受经销商、第三方定期的符合性检查。

　　“食品溯源制度”也是日本政府目前正在大力推广的一项食品安全管理新制度，目的是利用当今发达的信息技术，对每一件产品建立生产、加工、流通所有环节的“履历”，将其产地、农药使用情况、生产者、加工者、销售者等通过电子信息进行记录，一旦出现问题，通过记录就能够迅速找到原因，从而避免鱼目混珠、无从查找的现象出现。如为保证销售日本和牛的品质，商场出售的和牛都会有一个电子标签，一经扫描，所有履历一目了然。